Gen-gen komplementer adalah peristiwa di mana gen-gen saling berinteraksi dan saling melengkapi. Jadi, gen yang satu melengkapi gen yang lain dan jika masing-masing gen berada sendirian, pengaruhnya tidak dapat terlihat. Rasio fenotipe F₂ pada peristiwa gen-gen komplementer adalah 9 : 7.

Contoh : Kita telah membahas kebun kacang untuk penjelasan dari jenis interaksi gen, yang tercatat untuk pertama kalinya. Dua varietas yang berbeda dari taman kacang menghasilkan bunga warna yang sama – putih. Tapi di persimpangan mereka menghasilkan bunga berwarna ungu. Sekali lagi di F₂, 9 ungu: 7 segregasi putih diamati. Bagaimana ini terjadi? Jawabannya adalah interaksi gen yang saling melengkapi.