Sirip ikan digunakan untuk keseimbangan dan membantu mendorong dan mengarahkan gerakan di air. Kebanyakan ikan memiliki 2 jenis sirip yaitu sirip tunggal yang ditemukan di sepanjang garis tengah (atas dan bawah) dari ikan, dan sirip yang berpasangan. Sirip ekor adalah sirip utama yang digunakan untuk bergerak ke depan di dalam air, sedangkan sirip punggung dan  dubur (masing-masing di bagian atas dan bawah) membantu keseimbangan ikan dan menjaga dari berguling. Sirip yang berpasangan membantu sebagi kemudi dan untuk melayang.

Di bagian luar kulit, kebanyakan ikan memiliki sisik. Sisik ini barisannya bertumpang tindih dan membantu melindungi ikan terhadap cedera dan infeksi. Pada beberapa spesies (misalnya, ikan puffer) sisik ikan dapat membuat permukaan yang hidup. Tepi mereka bergerigi dan tajam dalam beberapa ikan, dan halus dan bulat pada yang lainnya. Sisik ikan mengeluarkan lendir penutup untuk lebih melindungi terhadap infeksi. Lendir sebagai perangkap  dan melumpuhkan bakteri dan virus, menjaga mereka supaya tidak memasuki tubuh ikan. Lendir ini juga membantu mengurangi gesekan, memungkinkan ikan untuk bergerak dengan mudah melalui air.

Untuk bernapas di bawah air, ikan telah mengembangkan organ khusus yang disebut insang. Insang ditemukan di sisi ikan tepat di belakang kepala, insang mengandung ribuan kapiler, atau pembuluh darah kecil. Air terus dipompa melalui insang, yang menyaring oksigen dari air dan langsung ke dalam darah ikan. Tutup insang disebut operculum. Operculum adalah piring tulang yang fleksibel yang membantu melindungi insang sensitif. Insang juga penting untuk pembuangan ampas, terutama amonia, dari aliran darah ikan.

Ikan memiliki organ kandung kemih. Organ ini biasanya ditemukan di perut, dan membantu ikan bergerak ke atas atau ke bawah di dalam air. Dengan menyesuaikan jumlah udara di dalam kandung kemih, ikan dapat mengatur kedalaman di mana mereka mengapung tanpa terus menerus harus berenang. Dalam beberapa ikan, kandung kemih juga digunakan untuk menghasilkan suara.