Ada bermacam-macam mikroskop yang dibedakan berdasarkan sumber cahaya yang digunakan, banyaknya lensa yang digunakan, dan perbesaran bayangan yang dihasilkan.

A. Berdasarkan sumber cahaya yang digunakan

• Mikroskop cahaya. Mikroskop cahaya disebut juga mikroskop optik, yaitu jenis mikroskop yang menggunakan sinar matahari untuk menembus preparat sehingga terbentuk bayangan pada lensa.
• Mikroskop elektrik. Mikroskop elektrik disebut juga dengan mikroskop listrik, yaitu jenis mikroskop yang menggunakan cahaya yang berasal dari lampu listrik. Lampu tersebut ditempatkan pada bagian dasar/dekat dengan kaki mikroskop. Sumber cahaya digunakan untuk menembus preparat sehingga terbentuk bayangan.
• Mikroskop elektron. Sumber cahaya mikroskop elektron menggunakan gelombang elektron, yang tidak dapat dilihat oleh mata. Panjang gelombang elektron jauh lebih pendek, yaitu sekitar 0,005 nanometer, sehingga kemampuan daya pisahnya lebih tinggi.

B. Berdasarkan jumlah lensa okuler

• Mikroskop monokuler, mikroskop monokuler hanya memiliki satu lensa okuler, sehingga untuk melihat bayangan benda objek/preparat hanya menggunakan satu mata.
• Mikroskop binokuler, mikroskop binokuler memiliki dua buah lensa okuler, sehingga untuk melihat bayangan benda dapat menggunakan dua mata sekaligus.

C. Berdasarkan perbesaran bayangan suatu objek yang diamati

• Mikroskop biasa, mikroskop jenis ini memiliki perbesaran bayangan yang terbatas, bergantung dari ukuran lensa objektif dan okulernya. Biasanya perbesaran benda hanya sampai pada ribuan kali.
• Mikroskop elektron, Perbesaran yang dapat dicapai oleh mikroskop elektron sangat tinggi, yaitu 20.000 kali, bahkan dengan lensa intermedier dapat dicapai perbesaran bayangan 1.000.000 kali, sehingga dapat digunakan untuk melihat struktur dasar suatu sel. Melalui mikroskop ini dapat dilihat isi sel yang berupa organela-organela beserta struktur dasarnya.