Tumbuhan paku di bagi menjadi empat divisi yaitu sebagai berikut.
Psilophyta (Paku Purba)
Sebagian jenis paku purba telah banyak yang punah. Sekarang ini hanya tinggal sedikit jenis paku purba yang masih ada. Anggota paku purba merupakan paku telanjang (tidak daun) atau memiliki daun kecil- kecil (mikrofil) yang belum terdeferensiasi. Ada sebagian yang belum memiliki akar, bercabang menggarpu dengan sporangium pada ujung batang dan bersifat homospor. Untuk memperoleh makanan gametofit paku ini bersimbiosis dengan jamur, karena tidak mempunyai klorofil.
 |
| Psilotum |
Sphenophyta /Equisetophyta (Paku Ekor Kuda)
Divisi ini memiliki bentuk daun mirip kawat dengan susunan daun satu lingkaran. Kelompok ini memiliki homospora pada konus di ujung batang, memiliki banyak daun, batang berongga, dan beruas.
 |
| Equisetum debile |
Pada divisi ini terdapat silika yang terkonsentrasi di batang sehingga tumbuhan ini sering dijadikan sebagai bahan penggosok. Karena bentuknya unik, divisi ini sering disebut sebagai paku ekor kuda. Contohnya adalah Equisetum debile.
Lycophyta/Lycopodiophyta (Paku Kawat)
Lycophyta contohnya Lycopodium sp dan Selaginella sp. Lycopodium sp sporanya dalam sporofit daun khusus untuk reproduksi dan dapat bertahan dalam tanah selama 9 tahun, dapat menghasilkan spora tunggal yang berkembang menjadi gametofit biseksual (memiliki baik organ jantan dan betina), jenis homospora.
 |
| Lycopodium sp |
Contoh Lycopodium sp, isoetes, dan selaginella sp.
Pterophyta (Paku Sejati)
Pterophyta telah memiliki akar, batang, dan daun sejati. Daun umumnya berukuran besar atau disebut juga megafil. Batangnya dapat tumbuh di bawah tanah (seperti rhizoma) ataupun batangnya tumbuh di atas tanah. Ciri yang khas pada divisio ini adalah daun mudanya yang menggulung atau disebut juga circinnatus dan di bagian permukaan bawah daunnya terdapat sorus.
 |
| Marsilea crenata (semanggi) |
Marsilea crenata (semanggi), Azolla pinnata (paku air), Salvinia natans (paku sampan), dan Alsophilla glauca (paku tiang)