Untuk mengetahui cara menggunakan mikroskop, bacalah uraian berikut ini.

• Meletakkan mikroskop di atas meja dengan cara memegang lengan mikroskop sedemikian rupa sehingga mikroskop berada persis di hadapan pemakai.
• Peganglah lengan mikroskop dengan satu tangan, sementara tangan lain menyangga kakimikroskop. Mikroskop diletakkan di atas meja yang datar dengan bagian lenganya tepat beradadi hadapanmu.
• Putar revolver sampai terdengar bunyi klik, agar lensa objektif dengan perbesaran lemah tepat berada di tengah meja benda.
• Aturlah cermin untuk mendapatkan cahaya terang dengan melihatnya melalui lensa okuler.
• Putar diafragma untuk mendapatkan cahaya sebanyak-banyaknya.
• Putarlah tombol pengatur fokus untuk menurunkan tabung mikroskop sehingga lensa objektif berada kira-kira 1 cm di atas meja preparat.
• Letakkan preparat yang akan diamati di atas meja preparat. Aturlah agar bagian yang akan diamati berada tepat di tengah lubang meja preparat. Kemudian jepitlah preparat itu denga penjepit objek.
• Perhatikan dari samping dan putarlah tombol pengatur fokus untuk menurunkan sedikit tabung mikroskop sehingga lensa objektif hampir menyentuh preparat.
• Sambil melihat melalui lensa okuler, putarlah tombol pengatur fokus untuk menaikkan tabung mikroskop perlahan-lahan sehingga isi preparat dapat terlihat jelas. Jika letaknya belum tepat, preparat digeser-geser.
• Untuk melihat salah satu bagian preparat dengan jelas, dapat digunakan perbesaran kuat. Putarlah revolver untuk mengganti lensa objektif perbesaran lemah dengan lensa objektif perbesaran kuat.

Supaya mikroskop dapat dipakai dalam waktu yang lama perlu penyimpanan mikroskop yang benar. Berikut adalah cara menyimpan sebuah mikroskop :

• Tubus dinaikkan, ambilah kaca preparat/objek.
• Lensa objektif dengan perbesaran lemah diturunkan sampai mendekati lubang meja mikroskop.
• Diafragma ditutup dan posisi tegak.
• Masukkan ke dalam lemari yang diberi cahaya.