Kepunahan Pleistosen adalah salah satu dari kepunahan lebih rendah dan yang relatif baru-baru ini. Hal ini juga diketahui bahwa Amerika Utara, dan untuk beberapa derajat Eurasia, megafauna menghilang menjelang akhir periode glaciation terakhir. Kepunahan tampaknya telah terjadi dalam periode waktu yang relatif terbatas antara 10,000-12,000 tahun yang lalu. Di Amerika Utara, kerugian yang cukup dramatis dan termasuk mammoth (terakhir tanggal sekitar 4.000 tahun yang lalu dalam sebuah populasi yang terisolasi), mastodon, berang-berang raksasa, sloth tanah raksasa, kucing bertaring tajam, dan unta Amerika Utara, untuk nama hanya sedikit. Kemungkinan bahwa kepunahan cepat dari hewan-hewan besar disebabkan oleh lebih-berburu pertama kali diusulkan pada tahun 1900; penelitian hipotesis ini berlanjut hari ini. Tampaknya mungkin bahwa over-berburu merupakan faktor dalam kepunahan di banyak wilayah di dunia. Secara umum, waktu dari kepunahan Pleistosen berkorelasi dengan kedatangan manusia dan bukan dengan peristiwa perubahan iklim, yang merupakan hipotesis bersaing utama kepunahan tersebut.

Kepunahan dimulai di Australia sekitar 40.000 sampai 50.000 tahun yang lalu, 10.000 hingga 20.000 tahun setelah kedatangan manusia di daerah tersebut. Sebuah singa berkantung, raksasa satu-ton wombat, dan beberapa spesies kanguru raksasa menghilang. Di Amerika Utara, kepunahan dari hampir semua mamalia besar terjadi 10.000 sampai 12.000 tahun yang lalu, beberapa ribu tahun setelah bukti pertama manusia di Amerika Utara. Semua yang tersisa adalah mamalia kecil seperti beruang, rusa, rusa, dan puma. Akhirnya, pada banyak pulau-pulau samudra terpencil, kepunahan banyak spesies terjadi dengan kebetulan kedatangan manusia. Tidak semua pulau memiliki hewan besar, tetapi ketika ada hewan besar, mereka hilang. Madagaskar dijajah sekitar 2.000 tahun yang lalu; mamalia besar (prosimians) yang tinggal di sana punah. Eurasia dan Afrika tidak menunjukkan pola ini, tetapi mereka juga tidak mengalami kedatangan baru-baru manusia. Manusia tiba di Eurasia ratusan ribu hingga lebih dari satu juta tahun yang lalu, setelah asal spesies di Afrika. Topik ini masih merupakan bidang penelitian aktif dan hipotesa. Tampak jelas bahwa bahkan jika iklim memainkan peran, berburu manusia merupakan faktor tambahan dalam kepunahan.