Silia dan Flagela adalah rambut halus seperti proses sitoplasma yang timbul dari margin bebas dari sel. Cilia terjadi pada protozoa dari kelas Ciliata dan anggota kelas-kelas lain dan epitel bersilia dari metazoan tersebut. Silia dapat terjadi di permukaan tubuh eksternal dan dapat membantu dalam gerak hewan seperti larva platyhelminthes tertentu, Echinodermata, moluska dan Annelida. Cacing nematoda dan arthropoda tidak memiliki silia. Kecuali untuk sperma, silia dalam sistem mamalia tidak organel penggerak. Tapi efeknya adalah sama, yaitu, untuk memindahkan lingkungan sehubungan dengan permukaan sel. Sedangkan Flagela terjadi pada protozoa kelas Flagellata, choanocyte dari spons, spermatozoa dari metazoan dan di antara tanaman di ganggang dan gamet sel.

Silia dan flagela timbul dari struktur granular kecil yang disebut tubuh basal. Silia dan flagela ditutupi oleh membran unit yang merupakan pereluasan dari membran plasma sel. Mereka memiliki filamen pusat yang disebut axoneme. Aksonem terbentuk dari sebelas mikrotubulus. Dua di antaranya adalah mikrotubulus tunggal dan sembilan doublet perifer (pasang mikrotubulus). Hal ini memberikan pengaturan 9 + 2 mikrotubular. Aksonem yang mendapatkan tertanam dalam matriks cairan dan dikelilingi oleh membran unit. Pergeseran dari mikrotubulus dari aksonem berperan untuk pergerakan silia dan flagela.

Perbedaan antara Silia dan Flagela adalah:

No	Silia	Flagela
1	Jumlahnya banyak sekali	Jumlahnya sedikit
2	Rambut pendek dan seperti organel (10 μm)	Cambuk panjang seperti organel (150 μm)
3	Terjadi di seluruh permukaan sel	Terjadi di salah satu ujung sel
4	Berdenyutnya bekerja sama	Berdenyutnya bebas 9sendirian)
5	Tampilkan gerakan menyapu atau stroke pendular	Gerakan bergelombang

Gerak silia dapat dipengaruhi oleh banyak kekurangan dalam komposisi protein organel. Misalnya, dalam sindrom silia imotil, suatu kondisi yang ditandai oleh kesulitan pernafasan parah dan kemandulan pria, cacat genetik yang mendasari adalah tidak adanya dalam dan luar lengan dynein pada doublet perifer dari kedua silia dan flagela. Gejala sindrom ini hasil dari imobilitas silia pada saluran pernapasan dan dari flagella dalam sperma. Dalam Chlamydomonas beberapa cacat mutasi telah dipelajari dalam aksonem dari flagel yang dapat menyebabkan kelumpuhan fungsi flagellar.

Fungsi Silia dan Flagela:

a. Berfungsi sebagai organ locomotory di ciliates, flagelata dan invertebrata lainnya.

b. Membantu dalam menangkap makanan di banyak protozoa dan beberapa metazoans.

c. Membantu dalam sirkulasi, respirasi dan ekskresi dalam banyak organisme.

d. Telur amfibi dan mamalia didorong keluar dari saluran telur dengan bantuan silia vibratile yang kedua.