Transkripsi bisa ditemukan pada sel prokariotik maupun eukariotik. Pada kedua transkripsi tersebut terdapat perbedaan. Adapun perbedaan antara transkripsi prokariotik dan eukariotik dapat dilihat pada tabel berikut:
| Transkripsi prokariotik | Transkripsi eukariotik |
| Terjemahan transkripsi ditambah adalah aturan | Terjemahan transkripsi ditambah tidak mungkin |
| Terjadi dalam sitoplasma. | Terjadi pada inti. |
| Tidak ada fase yang pasti untuk terjadinya | Berlangsung di fase G1 dan G2 siklus sel. |
| Sebuah RNA polimerase tunggal mensintesis semua tiga jenis RNA (mRNA, tRNA, rRNA) | Polimerase RNA I, II dan III masing-masing mensintesis rRNA, mRNA dan tRNA |
| RNA dilepaskan dan diproses dalam sitoplasma | RNA dilepaskan dan proses dalam inti |
| Inisiasi transkripsi tidak memerlukan protein atau faktor inisiasi | Inisiasi transkripsi membutuhkan protein yang disebut faktor transkripsi. |
| Molekul pra RNA dilepaskan dan diproses dalam sitoplasma. | Molekul pra RNA dilepaskan dan diproses dalam inti |
| Polimerase RNA yang kompleks dari lima polipeptida | Polimerase RNA yang kompleks dari 10-15 polipeptida |
| Transkripsi mRNA primer memiliki kelebihan sedikit nukleotida | Transkrip mRNA primer memiliki kelebihan banyak nukleotida |
| Unit transkripsi memiliki satu atau lebih gen (polisistronik). | Unit transkripsi hanya memiliki satu gen (monosistronik) |
| Transkripsi dan translasi hampir simultan. Sedikit proses mRNA | Pengolahan mRNA meliputi penambahan 7 metilguanosin |
| 23S, 16S rRNA dan 5S terbentuk dari transkrip primer tunggal | 28S, 18S, 5.8S dan 5S rRNA terbentuk dari dua transkrip primer |
| Inhibitor:Rifampisin: mengikat ß subunit polimerase RNA. | Inhibitor: α amanitin: Menghambat polimerase 2 RNA |
Transkripsi merupakan proses dimana RNA disintesis dari tempat atau DNA. Semoga penjelasan mengenai perbedaan antara transkripsi prokariotik dan eukariotik dapat bermanfaat.