Hewan-hewan yang hidup di wilayah bagian timur Indonesia sama dengan atau mirip dengan hewan-hewan yang hidup di Benua Australia. Beberapa contoh hewan Indonesia bagian timur adalah sebagai berikut: a). Tikus berkantung dan musang berkantung, terdapat di Maluku sebelah timur dan Pulau Papua. b). Kanguru pohon, terdapat di Pulau Papua. c). Burung Cendrawasih, terdapat di Pulau Papua dan Kepulauan Aru d). Burung Kasuari, terdapat di Pulau Papua, Kepulauan Aru, dan Pulau Seram e). Burung kakaktua berjambul merah dan berjambul putih, terdapat di Maluku.
Persebaran Fauna
Di Indonesia penyebaran flora dan fauna asli Indonesia dipengaruhi oleh beragam hal seperti halnya aspek geografi. Para pakar zoologi berpendapat jika fauna di kawasan Indonesia memiliki tipe yang mirip dengan tipe fauna yang ada di Asia Tenggara atau oriental. Sementara itu fauna yang berada di kawasan Indonesia bagian timur memiliki kemiripan dengan fauna di benua Australia atau Australis.
Di Indonesia daerah persebaran fauna dibedakan menjadi 3 kawasan yaitu Indonesia bagian barat, kawasan Indonesia bagian timur serta kawasan peralihan atau Wallace. Sementara itu, persebaran fauna di Indonesia dipisahkan oleh garis Lydekker dan garis Webeer.
1. Kawasan Indonesia bagian barat – Indonesia kawasan barat meliputi Kalimantan, Sumatera, Jawa dan Bali. Kawasan ini dibatasi oleh garis imajiner Wallace yang berada di antara Sulawesi dan Kalimantan serta di antara Lombok dan pulau Bali. Jenis fauna yang berasal dari Indonesia bagian barat antara lain adalah leopard atau macam tutul, harimau, orang utan, gajah, beruang madu, lutung, merak hijau, burung jalak bali, wau-wau, banteng, merak hijau serta badak jawa.
2. Kawasan peralihan – Daerah yang meliputi kawasan ini adalah Sulawesi, Maluku, Sumbawa, Sumba serta Lombok. Kawasan peralihan dibatasi oleh garis Lydekker yang berada di sebelah timur dan garis Wallace yang berada di sebelah barat. Di antara kedua garis pembatas ini terdapat garis weber sebagai garis keseimbangan yang terletak di sebelah timur pulau Sulawesi. Jenis hewan yang berada di kawasan ini antara lain adalah kupu-kupu sulawesi, kuskus, beruang, soa-soa, kakatua putih, burung rangkong, anoa dataran rendah, anoa pegunungan, komodo dan lain-lain.
3. Kawasan Indonesia bagian timur – Kawasan ini dibatasi oleh garis Lydekker yang meliputi Papua serta pulau-pulau kecil yang berada di sekitarnya. Jenis fauna yang menghuni kawasan ini antara lain adalah kupu-kupu sayap burung, burung cendrawasih ekor pita, walabi kecil, kasturi raja, ular sanca hijau, burng kasuari gelambir ganda serta burung kakatua raja.