Sistem reproduksi manusia dapat menderita penyakit seperti:

• fimosis. Ini adalah penyempitan kulup bawaan, yang tidak memungkinkan penis keluar dengan bebas dan sering menyebabkan rasa sakit dan ketidaknyamanan selama hubungan seksual. Biasanya diatasi dengan sunat.
• Kanker. Malformasi tumor cenderung mempengaruhi prostat dan testis.
• Infeksi kelamin Seperti herpes, human papillomavirus, sifilis, gonore, AIDS dan lain-lain, beberapa di antaranya menghasilkan gejala lokal yang dapat dikenali, seperti pustula, cairan bernanah atau kesulitan buang air kecil.
• prostatitis. Pembesaran prostat biasanya merupakan produk dari infeksi bakteri, tetapi juga merupakan indikator penyakit yang lebih dalam seperti Benign Prostatic Hyperplasia atau kanker.