Terlepas dari sifat luar biasa dari sistem kekebalan, itu tidak selalu 100% efektif. Dalam banyak kasus, pada kenyataannya, operasinya terganggu dan memerlukan penggabungan obat-obatan. Kasus-kasus ini adalah:

Alergi Bahwa mereka tidak lebih dari reaksi yang tidak proporsional dari sistem kekebalan tubuh, yang menanggapi kehadiran zat yang tidak berbahaya seolah-olah itu adalah penyerang.

Penyakit autoimun. Di mana sistem kekebalan menjadi masalah, karena menyerang sel atau jaringan sehat dan tubuh itu sendiri, salah mengidentifikasi mereka sebagai terinfeksi atau asing.

Penyakit imunosupresif. Seperti AIDS, yang agen infeksiusnya justru menyerang sel darah putih yang bertugas mempertahankan diri, melalui berbagai strategi yang tidak memungkinkan penangkapan dan pengusiran biasa mereka. Sebagai akibat dari penyakit ini, orang-orang mengalami imunosupresi (yaitu, tidak berdaya) dan penyakit oportunistik lainnya dapat memanfaatkan kondisi tersebut.