Isomeri konfigurasi adalah gejala terdapatnya beberapa senyawa berumus molekul sama, urutan penggabungan atom-atomnya sama, tetapi mempunyai konfigurasi (penataan ruang gugus-gugus pada atom C kiral atau atom C asimetris) yang berbeda. Senyawa-senyawa yang berisomeri konfigurasi dapat merupakan enantiomer, bila merupakan bayangan cermin satu sama lain. Senyawa-senyawa yang berenantiomer mempunyai sifat fisik yang identik (titik didih, titik leleh, indeks bias, kelarutan, dan lain-lain), tetapi mempunyai kemampuan memutar bidang cahaya terpolarisasi ke arah yang berbeda dan disebut isomer optis aktif.

Contoh isomer konfigurasi. Akibat dari isomer konfigurasi adalah senyawa yang berbeda akan memiliki sifat yang berbeda pula. Contoh umum dari isomer konfigurasi adalah alkena tersubstitusi dan sikloalkana yang diganti di mana substituen disusun berbeda.

Simbol D dan L tidak dibaca dixtro dan levo, sebab tidak berhubungan dengan perputaran optis. Simbol D dan L diusulkan oleh Fisher, terutama dipakai untuk golongan karbohidrat sederhana atau monosakarida. Perbedaan konfigurasi pada atom C kiral, kadangkala menimbulkan perbedaan efek biologis yang sangat nyata. Misalnya pada S-karnova dan R-karnova. Kedua senyawa tersebut merupakan enentiomer satu sama lain, tetapi S-karvona mempunyai aroma khas jinten, sedangkan R-karvona mempunyai aroma khas spearment.