Struktur protein kuartener tidak akan dimiliki oleh protein terbuat dari polipeptida tunggal. Struktur protein kuartener hanya berlaku untuk protein multi-subunit. Jenis protein ini adalah protein yang dibuat lebih dari satu dari satu rantai polipeptida.  Struktur kuartener protein adalah bagaimana sub unit yang berorientasi dan diatur terhadap satu sama lain.

Dalam protein dengan lebih dari satu subunit, interaksi lemah antara subunit membantu menstabilkan struktur keseluruhan. Enzim sering memainkan peran kunci dalam ikatan subunit untuk membentuk final, protein berfungsi.

Misalnya, insulin adalah berbentuk bola, protein globular yang berisi ikatan hidrogen dan ikatan disulfida yang memegang rantai polipeptida yang dua bersama-sama. Sutra adalah protein berserat yang dihasilkan dari ikatan hidrogen antara rantai β-lipit yang berbeda.