Protein mempunyai 4 buah struktur yang berbeda. Ke-4 struktur ini adalah struktur protein primer, struktur protein sekunder, struktur protein tersier dan struktur protein kuartener. Diantara ke-4 struktur protein ini mempunyai perbedaan. Berikut adalah struktur protein sekunder.

Struktur sekunder sebuah protein adalah struktur biasa muncul dari interaksi antara tetangga atau dekat oleh asam amino sebagai polipeptida mulai melipat ke dalam bentuk tiga dimensi yang fungsional. Struktur sekunder timbul sebagai ikatan H terbentuk antara kelompok-kelompok lokal asam amino di daerah rantai polipeptida. Jarang struktur sekunder tunggal memperpanjang seluruh rantai polipeptida. Hal ini biasanya hanya di bagian rantai. Bentuk yang paling umum dari struktur sekunder adalah α-helix dan struktur lembar β-lipit dan mereka memainkan peran struktural penting di sebagian besar protein globular dan berserat.

α-helix dan bentuk lembaran β-lipit karena ikatan hidrogen antara karbonil dan amino kelompok tulang punggung peptida. Asam amino tertentu memiliki kecenderungan untuk membentuk α-helix, sementara yang lain memiliki kecenderungan untuk membentuk lembaran β-lipit.

Dalam rantai α-helix, bentuk ikatan hidrogen antara atom oksigen dalam tulang punggung polipeptida gugus karbonil dalam satu asam amino dan atom hidrogen dalam gugus amino backbone polipeptida asam amino lain yang empat asam amino jauh sepanjang rantai. Ini memegang hamparan asam amino dalam kumparan tangan kanan. Setiap belokan heliks dalam heliks alfa memiliki 3,6 residu asam amino. Kelompok R (rantai samping) dari polipeptida menonjol keluar dari rantai α-helix dan tidak terlibat dalam ikatan H yang mempertahankan struktur α-heliks.

Dalam lembar β-lipit, membentang dari asam amino yang diadakan di sebuah konformasi hampir sepenuhnya diperpanjang bahwa “lipatan” atau zig-zag karena sifat non-linear dari C-C tunggal dan ikatan kovalen C-N. β-lipit lembar pernah terjadi sendiri. Mereka harus diadakan di tempat oleh lembaran β-lipit lainnya. Membentang dari asam amino dalam lembaran β-lipit diadakan dalam struktur lembar lipit mereka karena ikatan hidrogen terbentuk antara atom oksigen dalam backbone polipeptida gugus karbonil dari satu lembar β-lipit dan atom hidrogen dalam gugus amino polipeptida β. Lembaran β-lipit yang memegang satu sama lain bersama-sama menyelaraskan paralel atau antiparalel satu sama lain. Kelompok R dari asam amino dalam β-lipit lembar titik keluar tegak lurus terhadap ikatan hidrogen memegang lembaran β-lipit bersama-sama, dan tidak terlibat dalam mempertahankan struktur lembar β-lipit.