Untuk membebaskan Irian Barat dari kekuasaan Belanda, Presiden Soekarno mengeluarkan Tri Komando Rakyat (Trikora). Isi Trikora adalah sebagai berikut:

a. Gagalkan pembentukan negara boneka Papua buatan kolonial Belanda

b. Kibarkan Sang Merah Putih di Irian Barat tanah air Indonesia, dan

c. Bersiaplah untuk mobilisasi umum mempertahankan kemerdekaan dan kesatuan tanah air Indonesia.

Sebagai tindakan nyata dari Trikora adalah dibentuk Komando Mandala Pembebasan Irian Barat dengan Panglima Komandonya Mayjen Soeharto yang berpusat di Makasar. Pada tanggal 19 Desember 1961, Soekarno mengumumkan pelaksanaan Trikora di Alun-alun Utara Yogyakarta. Soekarno juga membentuk Komando Mandala. Mayor Jenderal Soeharto diangkat sebagai panglima. Tugas komando ini adalah merencanakan, mempersiapkan, dan menyelenggarakan operasi militer untuk menggabungkan Papua bagian barat dengan Indonesia.

Fase operasi-operasi yang direncanakan Komando Mandala di Irian Barat. Adapun operasi-operasi yang direncanakan Komando Mandala di Irian Barat dibagi dalam tiga fase, yakni sebagai berikut.

(1) Fase Infiltrasi (sampai akhir 1962)
Memasukkan 10 kompi ke sekitar sasaran- sasaran tertentu untuk menciptakan daerah bebas de facto. Kesatuan-kesatuan ini harus dapat mengembangkan penguasaan wilayah dengan membawa serta rakyat Irian Barat dalam perjuangan fisik untuk membebaskan wilayah tersebut.

(2) Fase Eksploitasi (mulai awal 1963)
Mengadakan serangan terbuka terhadap induk militer lawan, menduduki semua pos pertahanan musuh yang penting.

(3) Fase Konsolidasi (awal 1964)
Menegakkan kekuasaan Republik Indonesia secara mutlak di seluruh Irian Barat. Selanjutnya antara bulan Maret sampai Agustus 1962 Komando Mandala melakukan operasi-operasi pendaratan baik melalui laut maupun udara. Beberapa operasi tersebut adalah Operasi Banteng di Fak-Fak dan Kaimana.

Sejarah Trikora

Trikora di mulai dari belanda akan menjajah kembali Indonesia dengan tidak menyerahkan irian barat kepada pihak Indonesia. Seperti kita telah ketahui bahwa irian barat merupakan surge alam, bukan hanya keindahan alamnya tetapi irian barat menimbun berlimpah batu barat. Sehingga irian barat digadang-gadang akan menjadi sumber batu bara dan wisata yang sangat menakjupkan.

Belanda memperkuat sistem pertahannya dengan mengirim batalyon angkatan darat mereka terus menerus ke irian barat. Dengan demikian pasukan perang mereka sangat kuat. Akan sulit bagi Indonesia merebut kembali irian barat pada masa itu.

Padar rapat Konferensi Meja Bundar (KMB) tahun 1949 Indonesia dan Belanda tidak mencapai kesepakatan, tetapi sepakat masalah ini akan dibicarakan kembali dalam satu tahun kedepan.

Tahun 1950, PBB mengeluarkan keputusan bahwa Papua Barat mempunyai hak merdeka sesuai dengan isi Piagam PBB pasal 73e. Lalu Belanda mengundang Indonesia ke Mahkamah Internasional untuk merampungkan masalah ini, tetapi Indonesia menolaknya.

Belanda melakukan percepatan untuk program pendidikan mempersiapkan kemerdekaan Papua pada bagian barat, persiapannya adalah akademi angkatan laut tahun 1956 dan tentara Papua pada tahun 1957. Indonesia juga tidak mau kalah, yaitu melakukan tindakan pembentukan Provinsi Irian Barat pada tanggal 17 Agustus 1956 dengan Zainal Abidin Syah sebagai gubernur pertamanya.

Amerika serikat khawatir pihak komunis mengambil keuntungan dengan adanya situasi ini, sehingga Amerika serikat mengambil langkah mendesak Belanda untuk berunding kembali dengan Indonesia. 15 Agustus 1962 akhirnya disepakati persetujuan New York Amerika Serikat. Pihak Australia menjadi mendukung papua menjadi bagian Indonesia karena desakkan dari Amerika Serikat