Ada berbagai jenis mikroskop yang digunakan sepanjang sejarah, dan saat ini ada mikroskop yang dirancang dengan tujuan khusus, beberapa di antaranya adalah:
- Pemindaian mikroskop elektron
- Mikroskop optik
- Mikroskop sederhana
- Mikroskop majemuk
- Mikroskop sinar ultraviolet
- Mikroskop fluoresensi
- Mikroskop petrografi
- Mikroskop di medan gelap
- Mikroskop kontras fase
- Mikroskop cahaya terpolarisasi
- Mikroskop konfokal
- Mikroskop elektronik
- Mikroskop elektron transmisi
- Mikroskop medan ion
- Pemindaian mikroskop probe
- Mikroskop Tunneling
- Mikroskop kekuatan atom
- Mikroskop virtual