Rantai trofik umumnya diklasifikasikan menurut habitat di mana mereka terjadi, sehingga biasanya ada dua jenis yang berbeda:

• Rantai makanan darat. Mereka yang terjadi di tempat yang berbeda di landas kontinen, bahkan di bawah permukaan bumi. Misalnya, rantai trofik gurun, hutan tropis lembab, dll.
• Rantai makanan akuatik. Mereka yang terjadi di lingkungan laut atau danau, dan yang terdiri dari makhluk-makhluk yang beradaptasi dengan kehidupan air atau bawah laut di berbagai tingkatan, seperti rantai makanan pesisir atau daerah abyssal, dll.