Di antara keuntungan utama organisme hasil rekayasa genetika adalah:

Resistensi yang lebih besar terhadap agen berbahaya. Benih rekayasa genetika menyediakan tanaman yang mampu menahan penyakit yang disebabkan oleh serangga atau virus, dan mampu mentolerir herbisida dan pestisida (misalnya, kedelai RR tahan terhadap herbisida yang sangat beracun, terbuat dari glifosat).

Perbaikan komposisi dan nilai gizi. Melalui pemasukan vitamin, eliminasi alergen dan modifikasi kandungan protein, produk-produk seperti jagung, beras, tomat, kedelai, kentang, dll. diperoleh. dengan komposisi yang lebih baik.

Toleransi yang lebih besar terhadap kekeringan dan banjir. Tanaman rekayasa genetika tahan terhadap berbagai faktor lingkungan dan karena itu menawarkan keuntungan bagi produsen dibandingkan dengan tanaman tradisional dengan mengurangi risiko gagal panen.

Di antara kelemahan utama organisme hasil rekayasa genetika adalah:

Penggunaan tanah secara intensif. Tanah dipengaruhi, terutama oleh dua masalah: jumlah residu beracun yang dihasilkan dari herbisida dan pestisida (yang disemprotkan pada tanaman rekayasa genetika) dan penaburan terus menerus yang tidak memungkinkan tanah untuk beristirahat untuk memulihkan bahan organik dan kelembabannya (teknik disebut “kosong”).

Kontaminasi genetik. Pengenalan tanaman rekayasa genetika dapat merusak lingkungan dan mempengaruhi keanekaragaman hayati. Misalnya, suatu tanaman dapat menjadi hama jika tumbuh di luar lokasi asalnya di mana panennya direncanakan atau jika ia mentransfer gen yang dimodifikasi ke tanaman lain (di Amerika Serikat, misalnya, jenis jagung yang hanya memiliki telah disetujui untuk memberi makan hewan ternak).

Masalah kesehatan. Pada tahun 1992, para ilmuwan dari badan pemerintah Amerika Serikat “Food and Drug Administration”, yang bertanggung jawab atas regulasi makanan, obat-obatan, kosmetik, antara lain, memperingatkan bahwa makanan yang dimodifikasi secara genetik dapat menyebabkan efek samping yang tidak terduga dan sulit dideteksi seperti alergi, racun dalam tubuh, penyakit baru dan masalah gizi.

Benih yang dipatenkan. Benih yang dimodifikasi secara genetik memiliki hak kekayaan intelektual dari perusahaan multinasional yang menciptakannya. Hak kekayaan intelektual ini menetapkan bahwa petani tidak dapat melestarikan benih ini untuk panen di masa depan, menyebabkan produsen membeli benih baru dan bahan kimia pertanian yang sesuai setiap tahun (dengan kemungkinan biaya lebih tinggi dibandingkan dengan benih tradisional).

Masih belum diketahui efek sampingnya. Sejak manipulasi genetik dalam makanan disetujui untuk komersialisasi pada tahun 1994, tidak cukup waktu telah berlalu untuk menentukan dengan tepat konsekuensi pada kesehatan dan lingkungan dari berbagai produk yang gennya dimodifikasi.