Penyebab utama Perang Cristero adalah modifikasi KUHP tahun 1926, yang dilakukan oleh presiden, dalam apa yang disebut Undang-Undang Calles. Dengan itu, ia berusaha untuk lebih membatasi partisipasi Gereja dalam kehidupan publik, meningkatkan kekuasaan Negara atas konstitusi Gereja Meksiko.

Tanggapan masyarakat Katolik berupa kumpulan tanda tangan untuk meminta reformasi konstitusi, yang ditolak. Selanjutnya, ia memboikot pembayaran pajak dan meminimalkan konsumsi produk dan layanan yang terkait dengan pemerintah, yang mengakibatkan kerusakan signifikan pada ekonomi genting saat itu.

Maka lahirlah gerakan sosial yang kuat yang mendukung hak atas kebebasan beribadah. Di bawah moto “Hidup Kristus Raja!” atau “Hidup Santa María de Guadalupe!”, mereka memulai pengumpulan senjata dan pembentukan gerilyawan petani, percaya bahwa solusi militer untuk konflik itu layak. Tidak diketahui apakah nama “Cristero” dipilih oleh para gerilyawan atau apakah itu adalah istilah yang menghina yang diberikan kepada mereka oleh musuh-musuh mereka.