Asal usul hutan hujan Amazon dimulai 20 juta tahun yang lalu, ketika pergerakan tektonik di wilayah tersebut menghasilkan kenaikan bertahap Pegunungan Andes, menyebabkan lembah Amazon menjadi sistem danau.

Meskipun setelah pergerakan ini daerah tersebut tertutup air, namun mulai mengering 10 juta tahun yang lalu. Dengan demikian, spesies hewan dan tumbuhan di wilayah tersebut mampu menjajah wilayah baru dan subur, untuk kemudian berkembang dan berdiversifikasi dengan cepat, meletakkan dasar panorama biologis yang ada saat ini.

Selama periode penaklukan Spanyol dan kolonisasi Amerika, wilayah ini dikaitkan dengan mitos asli El Dorado dan Negara Canela. Selama awal abad kedua puluh itu adalah wilayah eksploitasi intens pohon karet.