Atmosfer Jupiter sangat dalam, begitu dalam sehingga menyelimuti seluruh planet dari dalam hingga luar. Ini terdiri dari gas seperti hidrogen (87%), helium (13%) dan, pada tingkat lebih rendah, metana, uap air dan senyawa lainnya.

Sangat bergolak, dingin, dan mengandung berbagai jenis awan. Kepadatannya menunjukkan bahwa bagian dalam planet harus memiliki komposisi yang sama dengan atmosfer.